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J-AIR運航路線一覧
| 東京（羽田） | ⇔ | 三沢／秋田／山形／山口宇部／宮崎 |
| 大阪（伊丹） | ⇔ | 函館／青森／三沢／秋田／いわて花巻／山形／仙台／新潟／出雲／隠岐／松山／大分／福岡／長崎／熊本／宮崎／鹿児島
〔季節運航〕
女満別、札幌（新千歳）、松本、種子島、徳之島 |
| 福岡 | ⇔ | 徳島／高知／松山／宮崎／奄美大島 |
| 札幌（新千歳） | ⇔ | 女満別／青森／いわて花巻／仙台 |
| 鹿児島 | ⇔ | 奄美大島／徳之島 |
| 東京（羽田） | ⇔ | 三沢／秋田／山形／山口宇部／宮崎 |
| 大阪（伊丹） | ⇔ | 函館／青森／三沢／秋田／いわて花巻／山形／仙台／新潟／出雲／隠岐／松山／大分／福岡／長崎／熊本／宮崎／鹿児島
〔季節運航〕
女満別、札幌（新千歳）、松本、種子島、徳之島 |
| 福岡 | ⇔ | 徳島／高知／松山／宮崎／奄美大島 |
| 札幌（新千歳） | ⇔ | 女満別／青森／いわて花巻／仙台 |
| 鹿児島 | ⇔ | 奄美大島／徳之島 |
